Impian dan visi sederhana dari banyak umat Gereja Masehi Advent Ketujuh di Daerah Misi Papua (Sinode), para pendeta lapangan, dan pimpinan gereja di tanah Papua muncul sebagai dorongan kuat untuk mendirikan lembaga pendidikan tinggi baru. Pertambahan populasi dan peningkatan pesat umat Advent di Papua Barat menjadi kekuatan pendorong di balik luasnya dan terpencilnya tanah, alam yang sulit, terjal, alami, suasana pegunungan, kepercayaan masyarakat tradisional, tatanan kehidupan adat, dan banyak identitas suku yang berbeda (setidaknya ada 261 kelompok etnis di 312 suku berbeda) yang menjadi ciri khas Papua. Untuk alam dan masyarakat Papua yang berbeda, pendekatan kontekstualisasi misi merupakan pendekatan institusi ini yang dipelajari dan dialami dalam lingkungan pendidikan-teologis formal dan dalam ladang misi langsung telah membentuk tolak ukur pelatihan menjadi lembaga yang berorientasi pada misi secara alkitabiah-kontekstual.
Sebelum pengembangan wilyah baru dari dua kantor misi yang sudah ada menjadi empat misi lokal GMAHK pada bulan November 2023 yaitu Daerah Misi Papua, Misi Papua Barat, Misi Papua Tengah, dan Misi Papua Barat Daya, Daerah Misi Papua merupakan sebagai kantor misi induk. Pada era perintisannya sejak tahun 2006, Daerah Misi Papua telah memenuhi embrio visi dan misi untuk menopang pelatihan misi dengan nama Seminari Advent Papua yang diprakarsai pada akhir tahun 2005. Tahun berikutnya, sekolah misi ini membuka pendaftaran dan menawarkan program teologi dan pendidikan agama Kristen dengan mengadaptasi kurikulum dari institusi Advent lain yaitu Universitas Klabat yang ada di Airmadidi, Manado (Sulawesi). Namun karena proses pemeriksaan yang panjang untuk mendapatkan izin operasional dari Kementerian Agama, maka seminari tersebut mengarahkan program pelatihan lebih dari lima tahun. Setiap peserta menghabiskan satu tahun penuh di kampus dan pada tahun berikutnya pengutusan penggembalaan dan pengajaran di ladang-ladang. Hal yang sama ketika masa pelayanan setahun selesai para mahasiswa kembali ke kampus untuk pelatihan teoritikal.
Berdasarkan hasil keputusan Konferensi Daerah Misi Papua tanggal 6-10 Desember tahun 2010 yang dilaksanakan di Timika, tentang pengusulan pendirian Sekolah Tinggi Teologi Advent di Tanah Papua guna mengakomodir serta mempersiapkan SDM bagi Gereja Masehi Advent Hari Ketujuh di tanah Papua membentuk tim penyusun Proposal Pendirian STTAP berupa studi Kelayakan dan rencana Induk Pengembangan STTAP. Tim Kerja ini melanjutkan pengajuan kepada Kementerian Agama Republik Indonesia. Pada tahun 2012, atas kewenangan Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen Kementerian Agama, institusi ini memperoleh izin operasional resmi pada tanggal 18 September 2012 melalui Keputusan Direktur Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen Kementerian Agama R.I No. DJ.III/Kep/HK.00.5/620/2012 tentang Pemberian ijin penyelenggaraan program stratum satu (S1) Program Studi Teologi/Kependetaan kepada Sekolah Tinggi Teologi Advent Papua Provinsi Papua dan No. DJ.III/Kep/HK.00.5/621/2012 tentang Pemberian ijin penyelenggaraan program stratum satu (S1) Program Studi Pendidikan Agama Kristen kepada Sekolah Tinggi Teologi Advent Papua Provinsi Papua.
Visi dan Misi yang diemban oleh STTAP mencerminkan gagasan utama pendiriannya yang berkembang seiring dengan tuntutan kemajuan pendidikan dan ilmu pengetahuan (teknologi). Selama STTAP berdiri sudah dan terus memberikan kontribusi dan impact nyata bagi kebutuhan masyarakat khususnya dalam memajukan pendidikan lokal dan pemeliharaan iman serta kualitas sumber daya manusia non politis, beretika, dan memiliki moral yang tinggi hari ini dan esok dalam menghadapi tantangan-tantangan dunia.
